发包人代表在联系函上签字，但在结算审计时仍被扣减，主要有以下几类原因：一、 签字权限不足：现场项目经理或工程师的签字，往往只代表“事实确认”（如某件事发生了），而涉及费用变更、计价原则等，通常需要合同约定的授权人员签字并加盖公章。若签字人无权确认费用，审计时会认定为无效。二、 仅有“事实”无“依据”：联系函只描述了施工内容，但缺少支撑费用的关键资料，如：合同依据（是否属于变更或新增）、图纸、批准的施工方案、现场影像资料、有效的价格确认单、工程量计算底稿等。审计只看事实，更看依据是否闭合。三、 计价方式不合规：联系函虽签了，但费用计价违反了合同约定。例如合同明确变更按清单计价，联系函却签了个“一口价”且无组价明细；或本应包含在措施费、合同总价内的内容，又被单独以联系函形式重复申报。四、 与合同强制性条款冲突：合同中常有“任何联系函、签证若与合同条款抵触，以合同为准”的约定。若联系函的内容属于合同包死范围、或属于乙方应承担的风险（如雨季施工措施、材料涨价超过约定幅度等），即便甲方签字，审计也会依据合同条款扣减。五、 程序倒置或后补资料：按规范流程，应先申报变更审批，再施工。如果是先干后签，且审计认定该事项本可预见或属于施工单位自身原因导致，往往会以“程序不合规”或“管理不善”为由不予认定。六、 政府或上级审计的“再审”权：如果项目是财政资金、国企资金，最终需经过政府审计或集团审计。这类审计有权独立核定成本，若认定联系函签认不合理（如虚高、超标准、串通嫌疑），可直接调减，并可能以“结算审计”的最终结论为准。简单说，联系函签字是过程确认，结算审计是最终核定。审计看的是合同依据 + 事实支撑 + 计价合规 + 程序合法，缺一不可。
